Ilman epäpuhtauksien vaikutuksia ympäristön tilaan tutkittiin Kanta- ja Päijät-Hämeessä bioindikaattoreiden avulla 304 tutkimusalalla, joista 13 oli Riihimäellä. Indikaattoreina käytettiin männyn runkojäkäliä, männyn latvuskuntoa, sammalten, neulasten ja humuksen alkuainepitoisuuksia sekä humuksen dioksiini- ja furaanipitoisuuksia. Tutkimuksen rahoittivat alueen kunnat ja maakuntaliitot sekä ilmapäästöjä aiheuttavat laitokset. Tutkimusta koordinoi Hämeen ELY-keskus ja tutkimuksen toteutuksesta vastasi Nab Labs Oy.
Ilman epäpuhtauksien vaikutukset näkyivät bioindikaattoreissa selvimpinä voimakkaimmin kuormitetuilla alueilla. Hajakuormitetuilla alueilla vaikutukset olivat lieviä. Jäkälien kuntoa huononsivat ja jäkälien lajimäärää vähensivät alueen teollisuustoiminta, energiantuotanto, jätteenkäsittely ja jätevedenpuhdistamot. Vaikutuksen voimakkuus riippui merkittävästi päästökorkeudesta: korkeiden piippujen kautta leviävät päästöt laimentuvat ilmassa voimakkaasti eivätkä aiheuta yhtä voimakasta paikallista kuormitusta kuin matalalta tulevat päästöt.
Alueen ilmanlaatu oli tutkimuksen perusteella keskimäärin samaa luokkaa kuin muualla Suomessa. Kanta-Hämeessä mm. sormipaisukarvejäkälän vaurioaste kasvoi, kun taas levien esiintyminen väheni vuoteen 2002 verrattuna. Sammalen elohopeapitoisuus ja humuksen kadmium- ja lyijypitoisuus laskivat, mutta kuparipitoisuudet kasvoivat. Parhaiten alueen päästökuormitusta kuvasivat sammalen ja humuksen metallipitoisuudet. Korkeita metallipitoisuuksia havaittiin erityisesti Heinolan Myllyojan tutkimusalalla sekä Riihimäellä. Sammalesta mitatut lyijy- ja kromipitoisuudet olivat alueella suurempia kuin vertailuaineistoissa muualla Suomessa, humuksen vertailuaineistoja korkeampia keskimääräisiä pitoisuuksia havaittiin kromilla, kuparilla, lyijyllä, vanadiinilla ja nikkelillä. Riihimäen alueen metallikuormitus näkyi humuksen ja sammalen metallipitoisuuksissa, jotka olivat usean metallin osalta korkeimmillaan Haapahuhdan alueella.